1658年,卜彌格抵達越南河內時,清兵三路大軍已攻入云南,云貴淪陷,永歷朝廷殘余勢力敗退緬甸。此時的澳門已與清廷建立關系,葡萄牙也急于與清廷建立關系以鞏固在華利益,因此,耶穌會中國使團不再承認卜彌格為其成員,反對他借道澳門入境中國。卜彌格轉道越南試圖返回中國,但在抵達越南和廣西邊境后,發現同樣無法入境,于是又輾轉云南,但清兵在邊境設置了關卡,也無法進入中國,只得在中越邊境徘徊奔波。最終,在經年勞累之下,卜彌格不幸身患重病,于1659年8月在越南與廣西的邊境線上結束了短暫而悲壯的一生,年僅47歲。

中醫西傳的拓荒者

與許多耶穌會士長期在中國生活最后客死中國形成鮮明對照的是,卜彌格在中國的時間并不算長。從1644年抵達澳門到1659年病逝,只有短短15年的時間,其間還有8年左右作為南明王室特使往返于中歐之間。在中國屈指可數的7年里,恰逢中國歷史上朝代更替的大動蕩時期。但在如此艱難的短暫歲月里,卜彌格仍在多個領域為“中學西傳”作出貢獻,譬如將大秦景教碑文字譯成拉丁文,用經緯度繪制了中國地圖。

在同時代來華西方人士向歐洲傳播中國古代科學成就方面,卜彌格最為突出。他的科學著作涉及的范圍和內容,在當時的歐洲無人能及。在《中國地圖集》中,介紹了當時中國近四百種金屬礦藏及其分布,儼然是一部中國地理物產百科全書。卜彌格對中國醫學的研究及成果,對來華耶穌會士使團及當時歐洲漢學界的影響更是深遠而廣泛的,堪稱中西文化交流史上成就最為突出的西方人士之一。

根據《卜彌格文集》等迄今為止重要文獻和史料記載,卜彌格是向西方全面介紹《黃帝內經》、陰陽五行學說、中醫脈診、中醫方劑、中醫望診、針灸穴位圖解、中草藥的第一人,也是全面系統研究中醫理論并發表嚴肅中醫學術著作的西方第一人。從中醫研究專著《耶穌會士在中國的傳教士卜彌格認識中國脈診理論的一把醫學的鑰匙》(簡稱《醫學的鑰匙》)的內容來看,卜彌格已經不是單純的翻譯家,儼然就是一位博學的中醫學家。全書是他根據對《黃帝內經·素問》《難經本義》《脈經》《易經》《傷寒論》《金匱要略》《針灸甲乙經》和《神農本草經》等中醫學典籍深入研究后,通過自己的理解、消化、吸收和梳理,進而創作出的一部百科全書式的中醫研究專著,在西方人士對中醫文化研究形成著述方面,卜彌格堪稱“前無古人”。