侯仰軍偏愛于對歷史真實的探究。他在前人研究的基礎上，借鑒近年不斷涌現出的考古成果，擲地有聲地提出堯舜故里就在山東菏澤的觀點。大禹“三過家門而不入”的故事盡人皆知，可大禹治水的真相是什么？侯仰軍認為：“所謂大禹治水不過是把濟、濮流域的積水排泄出去而已。而要疏導積水，唯一的辦法就是開挖溝洫，所以后來孔子論大禹的功績，說大禹‘盡力乎溝洫’。由于大禹治水卓有成效，加上人類有一種對自己崇拜的人或事喜歡加以拔高的本性，代代相傳，越拔越高，大禹開掘溝洫便被夸大成開掘江河，大禹也就從人變成了神。”

當下，有些史學論著靠史料的堆砌和繁復的論證來取勝，往往讓行外人難以卒讀，不利于真正的學術普及。侯仰軍所著《歷史真相與文化反思》一書，論證環環相扣，史料條分縷析，語言簡潔優美，考證令人信服，充分顯示出他深厚的史學功底和摯誠樸真的治學精神。

“求真求實，向善向美”，是侯仰軍多年來的堅守。治學以來，他一直致力于歷史學、文獻學與中國傳統文化的研究、教學、出版工作。不論是做教師、做編輯，還是從事行政，他總能忙里偷閑，進行學術研究，至今已出版學術著作7部，整理、點校、翻譯古代文獻12部。

在治學研究中，侯仰軍運用文獻學與考古學相結合的方法，對夏商起源問題進行了細致而深入的探討，寫成《考古發現與夏商起源研究》一文。侯仰軍認為：魯西南的文化遺存十分豐富，以北辛文化、大汶口文化、龍山文化、岳石文化為代表的一大批古文化遺址排列有序，在全國具有很大影響；考古發現表明，4000年前魯西南的地形地貌及自然環境是崗丘布野，河湖交錯，林木茂密，氣候濕熱，非常適合人類生存；我國歷史傳說中的圣君，即當時的部落聯盟首領堯、舜，一生雖遷徙不定，但主要活動區域都與今魯西南地區密切相關；虞為夏朝建立前的一個朝代，起碼是一個城邦國家，它的國都和疆域就在豫東、魯西南地區。

通過對考古文獻的梳理，侯仰軍提出以下觀點：夏后氏是顓頊氏族的后裔，興起于豫東、魯西南地區；大禹在這里治水，并奠定夏朝立國的根基；夏啟利用其父大禹治水的威望，當了天下盟主，建立了夏王朝，都城在雷澤附近的古城陽；夏朝的政治中心一直與豫東、魯西南地區密切相關。從文獻上看，豫東、魯西南地區曾經是許多著名氏族的發祥地，除夏后氏之外，還有與夏同姓的有莘氏、有扈氏、昆吾氏、豕韋氏、大彭氏，楚人、秦人的祖先都曾在這里生息繁衍過。商族最早的族居地是今豫東、魯西南地區，在考古學上表現為早期岳石文化或龍山文化青堌堆類型；后來一度遷到河北省中南部和河南省北部，創造了典型先商文化即漳河型、輝衛型；不久又遷回豫東、魯西南地區，并在商湯率領下，以今天的曹縣一帶為中心，積聚力量，于是菏澤地區安邱堌堆的岳石文化面貌在與山東內地基本一致的情況下，有些因素顯然接受了冀南、豫北先商文化的影響；商湯滅夏后，商部族鑒于東夷勢力強大，又是自己的盟友，不便向東擴張，而河南中西部原來是夏人的勢力范圍，便在王朝建立初期大肆向西擴張，“南關外期”文化就是其在考古學上的表現。自從大禹治理好了豫東、魯西南地區的洪水后，這里便成了夏商周三代人口最繁庶，政治、經濟、文化最發達的地區之一。

近年來，侯仰軍到中國民間文藝家協會工作后，開始做民間文化遺產的搶救與保護工作。三年的時間，他到過20多個省、市、自治區，對節日文化、民族史詩、民歌、古村落保護等進行專題調研，撰寫并發表了18篇學術論文和調研報告，呼吁全社會重視并保護中國的優秀民族民間文化。在學術研究上，他既從考古成果中探究歷史真實，又從民間傳說中探究歷史真相。對麒麟的研究就是一例。麒麟是中國文化中的“瑞獸”，它是幻想中的神性動物，還是一種曾經的存在？侯仰軍認為，說麒麟 “只是古代傳說中的一種動物”，“現實中并不存在”，是站不住腳的。因為，在我國最早的成熟文字甲骨文和最早的詩歌總集《詩經》中，就有關于麒麟的記載，殷墟發現的可識別的甲骨卜辭中，多次出現麒麟；《春秋》和《孔子家語》中關于“西狩獲麟”的記載，為我們提供了生動的例證；從古文獻看，麒麟在商代之前的中原時常出現，西漢至北宋時也有麒麟的活動，只不過由于后世氣候變化和人類獵殺，麒麟逐漸消失了。從現實存在的動物到傳說中的動物，再到人們認為它只是傳說中的動物，麒麟的故事反映出歷史與傳說之間的復雜關系。侯仰軍對民間文化的研究虛實結合，可謂條理清晰。