由中國科學院黨組副書記方新同志擔任首席專家的2007年度國家社科基金重大項目《創新型國家建設中的自主創新能力提升研究》，日前推出階段性研究成果、專著《創新型國家建設報告（2009）》（創新藍皮書系列，詹正茂、王裕雄、孫穎著），由社會科學文獻出版社出版。
　　該書力圖對2006年以來我國實施的創新型國家建設戰略進行全面評估，一是從宏觀（總報告）、中觀（重要產業和行業）和微觀（企業）三個層面對我國創新型國家建設情況進行評估，二是對我國創新型國家建設支撐力量（科技金融、戰略科技力量、院士參與創新）的發展情況進行評估。
　　研究發現，從宏觀層面上看，2006年以來我國政府支持創新的政策體系更加健全、創新投入不斷增加，創新產出數量增長較快，但質量提升和結構優化較慢；在世界主要國家中我國創新程度排名第22位。2009年我國創新型國家建設將由粗放式的數量增長階段進入集約式的質量上升、結構調整關鍵時期；金融危機在帶來壓力的同時，也給我國創新型國家建設帶來機遇。
　　研究建議，要加強創新政策的協調及科學性；創新型國家建設在關注量的增長的同時，也要注重質的提高和結構調整；要加強創新型國家建設中的國際合作；要充分高效利用國際資源支撐我國創新型國家建設；進一步加強各創新主體創新能力，繼續促進引導各創新主體按照創新型國家建設的要求轉換功能定位，鼓勵有利于創新的微觀組織和制度變遷；不斷夯實創新型國家建設支撐力量；加強科研成果的推廣，推動“官產學研”合作。
　　從中觀層面看，我國制造業創新能力在逐步提高，高技術產品的國際市場占有率在逐步上升，對外技術依存度較高的問題得到緩解，但未發生根本轉變。2009年，金融危機將繼續影響我國制造業發展，制造業產品出口將會進一步減少，但國內產業振興計劃以及消費刺激政策，將會推動制造業的發展。市場的壓力、政策的引導將會使我國制造業在調整之后加快創新步伐。
　　農業創新能力在逐步提高，農業和農村科技水平在不斷升高，2009年金融危機導致較大數量農民工返鄉，給農村科技傳播和返鄉農民工創業帶來挑戰和機遇。建議農業創新一方面加強研發，一方面加強農業科技的傳播，支持農民創業，克服金融危機帶來的“農民工返鄉”帶來的不利影響，保證農村社會穩定。
　　交通創新能力不斷提升。2009年由于中央加大了對基礎設施的支出，預計將會對交通創新有較大推動作用。交通創新要突出重點。深化交通創新的體制機制建設，健全交通創新體系，一要面向以新材料和新工藝開發為重點，促進交通基礎設施建設創新；二要以公路、水路和航空交通智能化管理為目標，推動交通網絡運營管理創新；三要以推動節能、環保產品和技術研發利用來促進運輸裝備的創新。
　　環保創新自2006年以來，受到的支持力度越來越大，創新投入不斷增加，但環保創新的一個突出問題是環保企業創新能力不夠。2009年隨著中央對重點節能工程、循環經濟和重點流域工業污染治理工程的投入，以及加強對環保企業的扶持，環保創新將會引來新的局面。推進環保創新必須要加速環保科技體制創新，增強環保創新動力，促進官、產、學、研合作，推動企業成為環保創新的主體。
　　報告同時研究了2006年以來創新型國家建設的支撐力量發展情況。科技金融方面發展迅速,主要體現在對科技創新的支持力度加大,新的金融形式不斷發展,但科技型中小企業融資困難的問題未得到根本扭轉。報告界定了戰略科技力量的內涵和特征，根據發達創新型國家的經驗，分析了我國建設戰略科技力量的重要性，并提出應該將中國科學院等作為國家戰略科技力量予以支持。報告通過問卷調查，對院士參與創新型國家建設進行了研究，發現院士科研活動基本符合創新型國家建設的要求，但在研究成果的推廣、團隊建設和科學傳播方面亟待提高。