2006年12月，國家社科基金2006年度重大項目《有效懲治和預防腐敗的體制和機制問題研究》開題論證會在清華大學舉行。參加會議的有課題組全體成員和特邀項目咨詢專家等。
　　首席專家孫道祥、任建明教授首先匯報了課題研究的基本情況，并集中聽取了特邀與會專家的意見。專家們對該項目研究的重大意義給予了高度評價，對項目研究的重點難點和具體實施提出了寶貴建議。
　　中國教育電視臺黨委書記黃百煉同志認為，作為國家社科基金的重大課題，該項目還可以關注預防腐敗中的自律問題和我國廉政文化建設問題，關注我國需要迫切解決的體制機制問題，其中機制的動力問題是該課題的難點。中央黨校教授王貴秀同志認為，課題研究應明確以下努力方向，一是腐敗的源頭問題，即集權過分集中于“一把手”；二是加強政治體制改革和民主政治建設問題；三是改革黨的領導和規范黨的權力問題；四是改革和完善選舉制度問題等。中央部委出版社聯合體秘書長黃葦町同志指出，該課題研究是戰略性研究，視野一定要開闊，可以研究中國與國外的差別，如在制度與文化方面區別于國外的特點，要研究我國在基本政治經濟制度不變的條件下如何反腐的問題。同時要注意體制與機制的研究是根本，它們的作用也是一個長期的過程。中紀委邵景均同志認為，該項目的選題很好，抓住了腐敗的根本問題。要把課題做得有效，必須從中國的國情出發。重點研究基本政治制度問題、基本經濟制度問題和機制問題。其中，機制問題主要包括干部任用機制、利益協調機制和文化引導機制等。
　　為了完成好項目研究工作，課題組專門成立了咨詢專家組。專家組成員既包括長期從事腐敗與反腐敗研究的理論工作者，也包括具有豐富實踐經驗的實際工作者。首批特邀了13名專家，課題組為受邀專家頒發了聘書，聘期3年。課題組還將根據研究需要，繼續邀請其他專家，擴大咨詢專家組隊伍。
　　開題論證會后，課題組集中研究了專家意見和建議，著重討論了課題總體框架、子課題安排及課題研究的組織協調工作并達成了共識。經過再次調整的課題研究包括以下子課題：我國有效懲治和預防腐敗的體制和機制建設規劃以及分階段分步驟實施計劃問題研究；中國特色黨風廉政和反腐敗理論體系研究；有效懲治和預防腐敗的制度、體制和機制有效性評價體系研究；有效懲治腐敗的體制和機制問題研究；制度預防理論研究；有效監督的體制和機制問題研究——以“一把手”監督為例；用人腐敗及深化干部人事制度改革問題研究；公款消費及財政金融體制改革問題研究；司法系統懲治和預防腐敗的體制和機制問題研究；國有企業懲治和預防腐敗的體制和機制問題研究；治理商業賄賂問題研究；公共信息公開制度建設研究；我國廉潔自律規定現狀及防止利益沖突規則體系研究；提升我國反腐敗國際合作機制有效性對策研究等。